Viskwekerijen lozen aanzienlijke hoeveelheden organisch afval, antibiotica en pesticiden in het omringende water. Deze vervuiling kan leiden tot de aantasting van mariene ecosystemen, het uitsterven van lokale soorten en de verstoring van voedselketens.
4.2. Verspreiding van ziekten en parasieten
Zalmkwekerijen zijn vaak broedplaatsen voor ziekten en parasieten, die zich kunnen verspreiden naar wilde vispopulaties. Zo hebben zeeluizen afkomstig van viskwekerijen in sommige gebieden de wilde zalmpopulaties gedecimeerd.
4.3. Impact op de biodiversiteit
Intensieve zalmkweek kan ook een negatieve impact hebben op de biodiversiteit. Ontsnappingen van gekweekte zalm in het wild kunnen leiden tot concurrentie met inheemse soorten, hybridisatie en een verlies aan genetische diversiteit.